Irlandès de naixement, Scully va créixer a Londres, on la seva família s'havia instal·lat el 1949. Allí es va educar en el Croydon College of Art (1965-1968) i després va fer amb un màster a la Universitat de Newcastle (1968-1972). Una beca el va dur a la Universitat de Harvard el 1972, on es va confirmar el seu interès pel minimalisme nord-americà. Des de llavors ha dividit el seu temps entre Londres i Nova York, donant classes primer a la Chelsea School of Arts i a la Goldsmiths' School of Art (Londres, 1973-1975), i després a la Universitat de Princeton (Nova Jersey, 1977-1983). El 1983, any en què va rebre un Guggenheim Fellowship i un Artist's Fellowship del National Endowment for the Arts, va adquirir la nacionalitat nord-americana. Tan sol un any abans havia introduït elements emotius en la seva pintura, apartant-se així conceptualment del minimalisme. El 1989 es va celebrar una important retrospectiva de la seva obra en museus de Londres, Munic i Madrid, que l'any següent va ser objecte d'una monografia signada per Maurice Poirier. El 1992 va treballar, al Marroc, en un documental sobre Henri Matisse per a la BBC, i el 1994 va establir un estudi a Barcelona on, a partir de llavors, passa temporades habitualment. El 1995 se li va dedicar una nova i important retrospectiva en museus de Washington, Atlanta, Barcelona (Fundació "la Caixa"), Dublín i Frankfurt. Durant l'última dècada la seva presència en els museus internacionals ha estat constant, i Scully s'ha convertit en un dels noms fonamentals de l'abstracció contemporània.