Tras estudiar filosofía, en los años ochenta Javier Peñafiel se implicó en diversos movimientos de crítica al sistema, como el movimiento por la objeción de conciencia o las protestas contra la entrada de España en la OTAN, aunque pronto dejó atrás esa militancia política explícita y dirigió su atención hacia el arte. Realizó su formación artística desde estructuras no universitarias, a través de su participación en los talleres de la Quincena de Arte Contemporáneo de Montesquiu (QUAM), del Círculo de Bellas Artes de Madrid y, más asiduamente, del Arteleku de San Sebastián. En 1994, Manel Clot, comisario del ciclo de exposiciones de aquel año en La Capella de l’Antic Hospital de la Santa Creu, en Barcelona, le ofreció la primera oportunidad de presentar su obra en una muestra individual. Desde el interés por la filosofía y el pensamiento contemporáneos, las propuestas de Javier Peñafiel plantean una reflexión crítica, y en ocasiones irónica, sobre la pérdida de inocencia del individuo en la contemporaneidad. En 1997 inició un trabajo denominado Agencia de intervención en la sentimentalidad, que ahonda en las dificultades de comunicación personal y que desarrollaría en la exposición «Maltrato», presentada en la Sala Montcada de la Fundación ”la Caixa”, y, más tarde, en un proyecto denominado Tragedia de las corporaciones. Ignorancia (TCI). En ambos casos, Peñafiel mostraba que nuestro imaginario no está protegido por nuestra intimidad, sino que está sometido a leyes de vigilancia de sentimientos y deseos. Siempre preocupado por la condición política del individuo, la biopolítica, ha desarrollado su trabajo a través de dibujos y lecturas dramatizadas que ha recogido en diversas publicaciones y libros de artista.