En la época de transición entre los años ochenta y los noventa la figura de Juan Francisco Isidro, a pesar de lo breve de su trayectoria artística, despertó una gran expectación e interés a partir de sus exposiciones individuales -en la galería Rafael Ortiz de Sevilla, a la que estuvo siempre muy ligado, y en la galería Ángel Romero de Madrid- y de diversas exposiciones colectivas, especialmente la que en 1988 reunió en la galería Soledad Lorenzo de Madrid la obra de Pedro Mora, José María Baez y el propio Juan Francisco Isidro. El interés de su obra estaba determinado en gran medida por la radicalidad y el rigor de sus planteamientos. El inicio de su carrera coincidió con una gran efervescencia artística localizada en Sevilla, al amparo de la revista Figura. Sin embargo, los planteamientos estéticos y el talante de Isidro permitían adivinar un tipo de intereses más abierto hacia una evolución que, desde la pintura, condujera a otros territorios. Tras su muerte se realizó una importante exposición sobre su obra en la Torre de los Guzmanes en La Algaba (Sevilla), que recogía los momentos más significativos de su brillante, aunque breve, carrera.